Проекты, выполняемые в рамках ФКП РФ, ведутся в широкой международной кооперации (ИНТЕГРАЛ, СПЕКТР-РЕНТГЕН-ГАММА). Институт также участвует в проекте ЕКА МАРС-ЭКСПРЕСС и проектах НАСА МАРС-СЕРВЕЙОР и МАРС-ОДИССЕЙ.
Затраты зарубежных партнеров в создании научной аппаратуры, а следовательно их вклад в проекты, оценивается сотнями миллионов долларов. Основными зарубежными партнерами при подготовке научных приборов являются Франция, Германия. В последнее время наметился некоторый сдвиг в сотрудничестве с НАСА, но, по-видимому, это будет касаться перспективной программы. За истекший год было проведено 95 приемов иностранных делегаций, специалисты которых принимали участие в готовящихся совместных проектах и экспериментах. Институт посетили 213 зарубежных специалистов из Австралии, Австрии, Белоруссии, Болгарии, Великобритании, Венгрии, Голландии, Германии, Израиля, Китая, Кипра, Кореи, Киргизии, Латвии, Нидерландов, Польши, США, Узбекистана, Украины, Франции, Чехии, Чили, Японии и др. ИКИ РАН принимал активное участие в организации и проведении в нашей стране крупных совещаний и конференций.