Проекты, выполняемые в рамках ФКП РФ, ведутся в широкой международной кооперации (ИНТЕГРАЛ, СПЕКТР-РЕНТГЕН-ГАММА). Институт также участвует в проекте ЕКА МАРС-ЭКСПРЕСС и проектах НАСА МАРС-СЕРВЕЙОР и МАРС-ОДИССЕЙ
Затраты зарубежных партнеров в создании научной аппаратуры, а следовательно их вклад в проекты, оценивается сотнями миллионов долларов. Основными зарубежными партнерами при подготовке научных приборов являются Франция, Германия. В последнее время наметился некоторый сдвиг в сотрудничестве с НАСА, но, по-видимому, это будет касаться перспективной программы. За истекший год было проведено 76 приемов иностранных делегаций, специалисты которых принимали участие в готовящихся совместных проектах и экспериментах. Институт посетили 138 зарубежных специалистов из США, Канады, Великобритании, Австрии, Германии, Австралии, Испании, Японии, Турции, Греции, Франции, Швеции, Швейцарии, Финляндии, Израиля, Китая, Дании, Монголии и др. ИКИ РАН принимал активное участие в организации и проведении в нашей стране крупных совещаний и конференций.