 
Таблица 1
| Астрофизические исследования | |
| СПЕКТР-РГ | Рентгеновская и гамма-обсерватория в космосе.ОКР | 
| СПЕКТР-УФ | Космический УФ-телескоп (головная организация ИА РАН).ОКР | 
| НЕЙТРАЛ-Э | Эксперимент на ОС МИР. Стадия реализации. | 
| ИНТЕГРАЛ | Международная Астрофизическая Обсерватория.ОКР | 
| 
 Исследования планет и малых тел Солнечной системы | |
| МАРС ОДИССЕЙ | Исследования нейтронного и гамма-излучений от  | 
| Марсоход-2003 | Комплексные исследования поверхности и атмосферы Марса при помощи орбитального и посадочного аппаратов. (участие в миссии НАСА Марсоход- 2003) | 
| МАРС-ЭКПРЕСС | Исследования Марса, проект ЕКА | 
| ФОБОС-ГРУНТ | Исследования Фобоса и возврат образцов грунта.ОКР (Финансирование не выделялось) | 
| 
 Исследования Солнца и солнечно-земных связей | |
| КОРОНАС-Ф | Комплексные исследования изучения Солнца (АУОС-С) Головная организация ФИАН. Стадия реализации | 
| 
 | |
| РЕЗОНАНС | Исследования искусственного возбуждения альвеновских волноводов за счет резонанса замкнутых магнитных силовых трубок на низких и средних широтах. НИР | 
| РОЙ | Изучение сильной турбулентности плазмы и аннигиляции магнитного поля в тонких токовых слоях, определяющих динамику магнитосферы, генерацию суббурь и другие взрывные плазменные явления.НИР | 
| ИНТЕРГЕЛИОЗОНД | Исследования физических свойств космического пространства в околосолнечной области и обеспечение сопутствующих наземных наблюдений. НИР | 
Кроме того, Институт проводил работы по проектам, которые еще 
не включены в “Федеральную космическую программу России” и могут быть 
осуществлены после 2001г. По некоторым из них велись научно-исследовательские 
работы или предварительные технические проработки.
Продолжались исследования также по развитию средств и систем 
сбора, передачи и обработки научной информации.