Таблица 1
| 
       Астрофизические исследования  | |
| 
       СПЕКТР-РГ  | 
    
       Рентгеновская и гамма-обсерватория в космосе  | 
| 
       СПЕКТР-УФ  | 
    
       Космический УФ-телескоп (головная организация ИА РАН)  | 
| 
       РЕЛИКТ-2  | 
    
       Изучение крупномасштабной анизотропии реликтового излучения и плазмы далекого хвоста магнитосферы (Финансирование не выделялось)  | 
| 
       ИНТЕГРАЛ  | 
    
       Международная Астрофизическая Обсерватория  | 
| 
       
 Исследования планет и малых тел Солнечной системы  | |
| 
       МСП-2001  | 
    
       Комплексные исследования поверхности и атмосферы Марса при помощи орбитального и посадочного аппаратов. (участие в миссии НАСА МАРС ГЛОБАЛ СЕРВЕЙОР 2001)  | 
| 
       МСП-2003  | 
    
       Комплексные исследования поверхности и атмосферы Марса при помощи орбитального и посадочного аппаратов. (участие в миссии НАСА МАРС ГЛОБАЛ СЕРВЕЙОР 2003)  | 
| 
       МАРС-ЭКПРЕСС  | 
    
       Исследования Марса, проект ЕКА  | 
| 
       ФОБОС-ГРУНТ  | 
    
       Исследования Фобоса и возврат образцов грунта. (Финансирование не выделялось)  | 
| 
       
 Исследования Солнца и солнечно-земных связей  | |
| 
       ИНТЕРБОЛ  | 
    
       Изучение энергетики, динамики и физической природы магнитосферных суббурь с помощью системы авроральной и хвостовой пар спутников  | 
| 
       НЕЙТРАЛ-Э  | 
    
       Эксперимент на ОС МИР  | 
| 
       КОРОНАС-Ф  | 
    
       Комплексные исследования излучения Солнца (АУОС-С) (Головная организация ФИАН)  | 
| 
       РЕЗОНАНС  | 
    
       Исследования искусственного возбуждения альвеновских волноводов за счет резонанса замкнутых магнитных силовых трубок на низких и средних широтах.  | 
| 
       РОЙ  | 
    
       Изучение сильной турбулентности плазмы и аннигиляции магнитного поля в тонких токовых слоях, определяющих динамику магнитосферы, генерацию суббурь и другие взрывные плазменные явления  | 
| 
       ИНТЕРГЕЛИОЗОНД  | 
    
       Исследования физических свойств космического пространства в околосолнечной области и обеспечение сопутствующих наземных наблюдений  | 
Кроме того, Институт проводил работы по проектам, которые еще 
не включены в “Федеральную космическую программу России” и могут быть 
осуществлены после 2000г. По некоторым из них велись научно-исследовательские 
работы или предварительные технические проработки.
Продолжались исследования также по развитию средств и систем 
сбора, передачи и обработки научной информации.